La reestructuración de la Secretaría de Innovación, Ciencia y Tecnología ha intensificado el conflicto entre Karina Milei y Santiago Caputo. La hermana del Presidente asume el control, a través del jefe de Gabinete, Diego Santilli, de áreas estratégicas dentro de la administración. Esto no solo se debe a la importancia de las materias que se gestionan allí, sino también a la magnitud de los negocios que se discuten. Además, Karina Milei tendrá la capacidad de revisar operaciones controvertidas realizadas en oficinas previamente bajo la dirección de Santiago Caputo.
La relación de Santilli con Karina Milei es estrecha, motivada por su aspiración de convertirse en gobernador de la provincia de Buenos Aires. Para alcanzar este objetivo, Santilli necesita que la líder del partido lo postule como candidato y que ella respalde un acuerdo entre La Libertad Avanza, el Pro y la UCR. Sin esta alianza de fuerzas no peronistas, sus perspectivas podrían verse comprometidas, sobre todo en elecciones que se resuelven en primera vuelta a partir de la simple pluralidad de votos. Estos factores generan una dependencia considerable de Santilli hacia la secretaria general de la Presidencia.